2012年3月28日，花都湖建设工程正式启动。为确保环境质量特别是水资源取得根本性改善，区环保、水务等部门重拳治理污染源，对贯穿整个花都湖国家湿地公园的新街河水环境和花都湖片区（重点街道）环境实行整治专项工作，先后关闭了周边数百家养鸡场、生猪养殖场等和一批电镀、漂染等污染企业；对湖底进行淤泥清理，埋设截污管，实施雨污分流、疏通河流、连通水系。

　　同时修建了一个生态河堤，种植了大量水生植物，增强水体的自净能力，使河水发黑发臭的问题得到根本性扭转，整个区域水系的水质实现质的转变。　　

　　与此同时，推进城市空间的湿地生态修复、河网水系贯通、生态湿地建设，优化水生植物品种和布局，在两岸营造园林式乔木和花草，提高生态湿地的生态韧性，周边生态环境明显改善，形成了水草丰美、鸟语花香、鱼儿畅游、配套设施完备、动植物多样性的生态公园格局，成为花都的城市“空气调节器”，水域景观自然成了吸引游客眼球的亮点。　　

　　在2020年进行的生物多样性

　　调查数据显示：

　　花都湖国家湿地公园有鱼类46种，隶属7目，17科，其中鲤科鱼类最多，共24种，占总数的 52.17%。

　　鲤科鱼类占大多数，这也是东亚淡水鱼类区系组成的共同特点之一。